从mysql-5.5.5开始,InnoDB作为默认存储引擎，InnoDB作为支持事务的存储引擎，拥有相关的RDBMS特性：包括ACID事务支持，参考完整性（外健），灾难恢复能力等特性。
同时作为维护mysql内部结构的mysql和information_schema两个databases中的表，依然使用MyISAM存储引擎，而且不能被更改为InnoDB，一般来说不是有太多人关心这个东西。决定使用什么样的存储引擎是一个很tricky的事情，但是还是值我们去研究一下，这里的文章只考虑 MyISAM 和InnoDB这两个，因为这两个是最常见的。
myisam只有索引缓存
innodb不分索引文件数据文件 innodb buffer
myisam只能管理索引，在索引数据大于分配的资源时，会由操作系统来cache；数据文件依赖于操作系统的cache。innodb不管是索引还是数据，都是自己来管理
思考上面这些问题可以让你找到合适的方向，但那并不是绝对的。如果你需要事务处理或是外键，那么InnoDB 可能是比较好的方式。如果你需要全文索引，那么通常来说 MyISAM是好的选择，因为这是系统内建的，然而，我们其实并不会经常地去测试两百万行记录。所以，就算是慢一点，我们可以通过使用Sphinx从InnoDB中获得全文索引。
数据的大小，是一个影响你选择什么样存储引擎的重要因素，大尺寸的数据集趋向于选择InnoDB方式，因为其支持事务处理和故障恢复。数据库的在小决定了故障恢复的时间长短，InnoDB可以利用事务日志进行数据恢复，这会比较快。而MyISAM可能会需要几个小时甚至几天来干这些事，InnoDB只需要几分钟。
您操作数据库表的习惯可能也会是一个对性能影响很大的因素。比如： COUNT() 在 MyISAM 表中会非常快，而在InnoDB 表下可能会很痛苦。而主键查询则在InnoDB下会相当相当的快，但需要小心的是如果我们的主键太长了也会导致性能问题。大批的inserts 语句在 MyISAM下会快一些，但是updates 在InnoDB 下会更快一些——尤其在并发量大的时候。
所以，到底你检使用哪一个呢？根据经验来看，如果是一些小型的应用或项目，那么MyISAM 也许会更适合。当然，在大型的环境下使用 MyISAM 也会有很大成功的时候，但却不总是这样的。如果你正在计划使用一个超大数据量的项目，而且需要事务处理或外键支持，那么你真的应该直接使用 InnoDB方式。但需要记住InnoDB 的表需要更多的内存和存储，转换100GB 的MyISAM 表到InnoDB 表可能会让你有非常坏的体验。
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MyISAM:这个是默认类型,它是基于传统的ISAM类型,ISAM是 Indexed Sequential Access Method (有索引的顺序访问方法) 的缩写,它是存储记录和文件的标准方法.与其他存储引擎比较,MyISAM具有检查和修复表格的大多数工具. MyISAM表格可以被压缩,而且它们支持全文搜索.它们不是事务安全的,而且也不支持外键。如果事物回滚将造成不完全回滚，不具有原子性。如果执行大量的SELECT，MyISAM是更好的选择。
InnoDB:这种类型是事务安全的.它与BDB类型具有相同的特性,它们还支持外键.InnoDB表格速度很快.具有比BDB还丰富的特性,因此如果需要一个事务安全的存储引擎,建议使用它.如果你的数据执行大量的INSERT或UPDATE,出于性能方面的考虑，应该使用InnoDB表,
对于支持事物的InnoDB类型的标，影响速度的主要原因是AUTOCOMMIT默认设置是打开的，而且程序没有显式调用BEGIN 开始事务，导致每插入一条都自动Commit，严重影响了速度。可以在执行sql前调用begin，多条sql形成一个事物（即使autocommit打开也可以），将大大提高性能。
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InnoDB和MyISAM是在使用MySQL最常用的两个表类型，各有优缺点，视具体应用而定。下面是已知的两者之间的差别，仅供参考。
innodb
InnoDB 给 MySQL 提供了具有事务(commit)、回滚(rollback)和崩溃修复能力 (crash recovery capabilities)的事务安全(transaction-safe (ACID compliant))型表。 InnoDB 提供了行锁(locking on row level)，提供与 Oracle 类型一致的不加锁读取(non- locking read in SELECTs)。这些特性均提高了多用户并发操作的性能表现。在InnoDB表中不需要扩大锁定 (lock escalation)，因为 InnoDB 的列锁定(row level locks)适宜非常小的空间。 InnoDB 是 MySQL 上第一个提供外键约束(FOREIGN KEY constraints)的表引擎。
InnoDB 的设计目标是处理大容量数据库系统，它的 CPU 利用率是其它基于磁盘的关系数据库引擎所不能比的。在技术上，InnoDB 是一套放在 MySQL 后台的完整数据库系统，InnoDB 在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引。 InnoDB 把数据和索引存放在表空间里，可能包含多个文件，这与其它的不一样，举例来说，在 MyISAM 中，表被存放在单独的文件中。InnoDB 表的大小只受限于操作系统的文件大小，一般为 2 GB。
InnoDB所有的表都保存在同一个数据文件 ibdata1 中（也可能是多个文件，或者是独立的表空间文件）,相对来说比较不好备份，免费的方案可以是拷贝数据文件、备份 binlog，或者用 mysqldump。
MyISAM
MyISAM 是MySQL缺省存贮引擎 .
每张MyISAM 表被存放在三个文件 。frm 文件存放表格定义。 数据文件是MYD (MYData) 。 索引文件是 MYI (MYIndex) 引伸。
因为MyISAM相对简单所以在效率上要优于InnoDB..小型应用使用MyISAM是不错的选择.
MyISAM表是保存成文件的形式,在跨平台的数据转移中使用MyISAM存储会省去不少的麻烦
以下是一些细节和具体实现的差别：
1.InnoDB不支持FULLTEXT类型的索引。
2.InnoDB 中不保存表的具体行数，也就是说，执行select count(*) from table时，InnoDB要扫描一遍整个表来计算有多少行，但是MyISAM只要简单的读出保存好的行数即可。注意的是，当count(*)语句包含 where条件时，两种表的操作是一样的。
3.对于AUTO_INCREMENT类型的字段，InnoDB中必须包含只有该字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立联合索引。
4.DELETE FROM table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除。
5.LOAD TABLE FROM MASTER操作对InnoDB是不起作用的，解决方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，导入数据后再改成InnoDB表，但是对于使用的额外的InnoDB特性（例如外键）的表不适用。
另外，InnoDB表的行锁也不是绝对的，如果在执行一个SQL语句时MySQL不能确定要扫描的范围，InnoDB表同样会锁全表，例如 update table set num=1 where name like “%aaa%”
任何一种表都不是万能的，只用恰当的针对业务类型来选择合适的表类型，才能最大的发挥MySQL的性能优势。
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以下是InnoDB和MyISAM的一些联系和区别！
1. 4.0以上mysqld都支持事务，包括非max版本。3.23的需要max版本mysqld才能支持事务。
2. 创建表时如果不指定type则默认为myisam，不支持事务。
可以用 show create table tablename 命令看表的类型。
2.1 对不支持事务的表做start/commit操作没有任何效果，在执行commit前已经提交，测试：
执行一个msyql：
use test;
drop table if exists tn;
create table tn (a varchar(10)) type=myisam;
drop table if exists ty;
create table ty (a varchar(10)) type=innodb;
begin;
insert into tn values('a');
insert into ty values('a');
select * from tn;
select * from ty;
都能看到一条记录
执行另一个mysql：
use test; select * from tn; select * from ty;
只有tn能看到一条记录
然后在另一边
commit;
才都能看到记录。
3. 可以执行以下命令来切换非事务表到事务（数据不会丢失），innodb表比myisam表更安全：
alter table tablename type=innodb;
3.1 innodb表不能用repair table命令和myisamchk -r table_name
但可以用check table，以及mysqlcheck [OPTIONS] database [tables]
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mysql中使用select for update的必须针对InnoDb，并且是在一个事务中，才能起作用。
select的条件不一样，采用的是行级锁还是表级锁也不一样。
由于InnoDB 预设是Row-Level Lock，所以只有「明确」的指定主键，MySQL 才会执行Row lock (只锁住被选取的资料例) ，否则MySQL 将会执行Table Lock (将整个资料表单给锁住)。
举个例子:
假设有个表单products ，里面有id 跟name 二个栏位，id 是主键。
例1: (明确指定主键，并且有此笔资料，row lock)
SELECT * FROM products WHERE id='3' FOR UPDATE;
例2: (明确指定主键，若查无此笔资料，无lock)
SELECT * FROM products WHERE id='-1' FOR UPDATE;
例2: (无主键，table lock)
SELECT * FROM products WHERE name='Mouse' FOR UPDATE;
例3: (主键不明确，table lock)
SELECT * FROM products WHERE id<>'3' FOR UPDATE;
例4: (主键不明确，table lock)
SELECT * FROM products WHERE id LIKE '3' FOR UPDATE;
注1:
FOR UPDATE 仅适用于InnoDB，且必须在交易区块(BEGIN/COMMIT)中才能生效。
1.InnoDB table优点
硬件故障导致的server crash（比如停电），在下次重起database会自动恢复。
由InnoDB buffer pool 负责cache被访问的表和索引数据，直接在内存中进行处理，根据合理算法来保持热点块（hot）保留在内存中，极大地提高访问效率，减少I/O。
使用外健来实现参考完整性，实现数据的逻辑分割，同时还可以实现关联更新。
如果数据损坏，checksum机制能够在你使用时候提醒你这些受损的数据。
建议所有的表都有主健（频繁使用的field上或者auto_increment field上创建），这将极大提高基于where条件为主健（primary key）上的查询性能，包括order by , group by 等。
提供change buffering自动优化机制来优化诸如Insert,Update,Delete等操作；InnoDb能允许同一表上的读，写操作，还能cache 改变数据来减少I/O.
2.InnoDB table最佳处理方法
给每个InnoDB表指定主健
为提高组合查询性能，定义外健在join columns上，并且定义为相同数据类型，外健能实现因主表更新而关联更新子表，并且阻止子表的插入新数据，当这些新数据并不在主表存在时。
改变autocommit默认方式为不自动提交，减少提交次数过多带来的性能影响；可以由start transaction and commit来以”逻辑事务处理”等为单位来控制提交次数。
停止使用lock table语句，InnoDB能处理同一表上的读写并发sessions,并且不存在可靠性和性能损失。
Enable innodb_file_per_table开关，分开表空间存放数据，避免巨型系统表空间出现；同时为诸如压缩和fast truncate 等操作提供基础。
根据应用实际情况，进行表压缩，这不会影响该表的读写能力。
如果建表时指定engine= 子句存在问题，使用-sql_mode=no_engine_substitution来阻止表以其它存储引擎创建。
3.InnoDB相对与InnoDB Plugin时期的改变
可以压缩表和与之关联的索引
创建和删除索引比拥有以前更少的性能影响
Truncate表非常快，并且释放空间给操作系统使用；而针对系统表空间的truncate之后只能由innodb来使用。
存储BLOGs 和Long Text fields更有效率
增件新的针对storage engine内部工作的的系统表在information_schema 下
在performance_schema(新增的 db) 增加性能统计信息表
表有了更大的性能提升
4.性能提升
Crash recovery中，自动恢复到数据库一直状态，这过程快速而且值得信任。而且数据越大效果越明显。这相比过去来说由非常明显的提升。
大部分新的特性都是自动实现，并不需要额外的配置。详细的配置参考文档。
5.验证InnoDB在系统的状态
使用命令 SHOW VARIABLES LIKE ‘have_innodb’; 如果是NO,表示没有支持InnoDB,如果是DISABLED，则看是否配置中有skip-innodb选项，需要去掉。如果支持如下
mysql> show variables like 'have_i%';
+---------------+-------+
| Variable_name | Value |
+---------------+-------+
| have_innodb | YES |
+---------------+-------+
1 row in set (0.00 sec)
使用命令SHOW ENGINES；能看到不同存储引擎，如果DEFAULT在innodb，代表支持并且为默认存储引擎。